Los antecedentes del origen de la Escuela de Grumetes se remontan al año 1846, cuando el entonces Presidente de la República don Manuel Bulnes Prieto, y su Ministro de Guerra y Marina, don Manuel Camilo Vial, demostraban su interés en que las futuras tripulaciones de los buques de guerra contaran con una eficiente preparación que les permitiera desarrollar su servicio a bordo. 

Sólo al finalizar la Guerra Contra España y de sus desastrosas consecuencias, las autoridades chilenas modificaron la visión que hasta esa época se tenía del Poder Naval. Se comprendió que era fundamental disponer de una fuerza naval permanente y profesional para el resguardo de nuestra soberanía marítima. Para tal efecto, el 03 de julio de 1868 el Presidente de Chile don José Joaquín Pérez Mascayano y su Ministro de Guerra y Marina don Federico Errázuriz Zañartu promulgó el Decreto Supremo que creó la Escuela Elemental y Profesional de los Aprendices de la Armada, actual Escuela de Grumetes.

Por disposición suprema del 1º de Mayo de 1876 la Escuela de Aprendices de Marineros que se encontraba funcionando en el Vapor "Valdivia", fue transbordada al Vapor "Abtao". Siendo su Director el Capitán de Fragata don Francisco Rondizzoni. A su vez, por Decreto Nº 1.138 de fecha 16 de noviembre de 1876, firmado por el Presidente Aníbal Pinto y su Ministro de Guerra y Marina don Belisario Prat, la Escuela de Aprendices de Marineros pasa a llamarse “Escuela de Grumetes”, fijándole una dotación de 50 plazas. 

El 14 de Febrero de 1911, el Comandante en Jefe del Apostadero Naval de Talcahuano, Contraalmirante, Don Lindor Pérez Gacitúa, daba cuenta que "para la construcción de la Escuela de Grumetes en la Isla Quiriquina, se pusieron a disposición de esta Comandancia en Jefe $ 100.000". El plazo de los trabajadores fue de 12 meses a contar del 25 de Julio de 1910. Al término de ese año la obra general se encontraba bastante avanzada. 

El año 1968, al cumplirse cien años desde la creación de la Escuela, la Armada le dio el nombre de "Alejandro Navarrete Cisterna", en recuerdo del primer Grumete en alcanzar el escalafón de Oficial de Mar por su destacada carrera naval, llegando en su ascenso hasta el grado de Capitán de Navío en forma póstuma.

Desde entonces y en forma constante se han hecho reparaciones o la creación de nueva infraestructura para garantizar una buena calidad de vida y mantener condiciones óptimas para la enseñanza teórica y práctica de nuevas generaciones de marinos, entre estos se destacan los proyectos de construcción de laboratorios, gimnasio y estadio, edificio administrativo y entrepuentes para la habitabilidad de grumetes.

Durante el año 2010, y producto del terremoto y tsunami que afectó a gran parte de la VIII región, los grumetes y familias residentes en la isla evacuaron hacia la parte alta de la isla donde hicieron campamentos, y luego de un par de semanas los alumnos pudieron bajar nuevamente a la isla y retomar parcialmente su régimen de clases, sin embargo cada uno de ellos fue una parte activa de la ayuda que prestaron las FF.AA. a la comunidad, participando en la reconstrucción de la base naval y de localidades de la región.

La presencia de la Escuela en la Isla Quiriquina es muy importante en el proceso formativo del Grumete, ya que le permite estar en contacto directo con el mar, desarrollando en él las actividades náuticas, a través de las cuales comienza a forjar su espíritu marinero, a la vez que aprende a quererlo y respetarlo, consciente de que este será el escenario natural donde transcurrirá gran parte de su vida como marino.